Trong nuôi tôm, tùy theo phương thức sản xuất khác nhau mà thức ăn tự nhiên và thức ăn nhân tạo chiếm vị trí khác nhau. Trong hình thức nuôi quảng canh, thức ăn tự nhiên là quan trọng, nhưng khi nuôi tôm với hình thức bán thâm canh hoặc thâm canh thì thức ăn nhân tạo thay thế dần cho thức ăn tự nhiên. Trình độ thâm canh càng cao thì thức ăn nhân tạo càng giữ vai trò chủ lực trong sinh trưởng phát triển của tôm nuôi.
Gần đây, người nuôi phải đối mặt với vấn đề dao động bất thường của nhiệt độ và độ mặn, nguyên nhân gây nên các loại bệnh cho tôm nuôi; đặc biệt đầu vàng (YHD-Yellow head disease), đốm trắng (WSD-White spot disease) và phát sáng do vi khuẩn (Luminescent bacteria) là các bệnh thường mang đến những mùa vụ thất bát cho người nuôi.
Bệnh phân trắng không phải là bệnh nguy hiểm như đốm trắng, đầu vàng nhưng lây lan nhanh làm giảm năng suất, gây thiệt hại nặng nề cho bà con nuôi tôm.
Hiện nay, protein thực vật đang được sử dụng để thay thế dần bột cá trong khẩu phần thức ăn thủy sản nói chung và thức ăn tôm nói riêng. Tuy nhiên các chất kháng dinh dưỡng đặc biệt là phytate có trong nguyên liệu thực vật có khả năng liên kết chặc chẽ với các muối khoáng canxi, magiê, sắt và kẽm làm giảm độ tiêu hóa các khoáng chất gây thiếu khoáng cho tôm nuôi.
Trong nuôi tôm cá, khi tảo phát triển mạnh sẽ tạo ra nhiều hệ lụy cho môi trường ao nuôi như: dao động pH trong ngày lớn (pH chiều có thể lớn hơn 9,0). Trong khi đó vào lúc gần sáng (3-4 giờ), quá trình hô hấp của tảo sẽ hấp thu một lượng lớn O2 trong môi trường và thải ra một lượng lớn CO2, từ đó kéo theo pH trong ao bị giảm thấp. Kết hợp với điều kiện oxy thấp, hệ miễn dịch của tôm sẽ suy yếu và dễ mắc bệnh.
Hình thức nuôi tôm đa dạng như thâm canh, bán thâm canh và quảng canh cải tiến phù hợp cho quy mô hộ gia đình. Tuy nhiên, hiện nay tình hình bệnh xảy ra thường xuyên làm ảnh hưởng lớn đến hiệu quả kinh tế của người nuôi. Bên cạnh những bệnh nguy hiểm thường gặp trên tôm sú nuôi thâm canh do tác nhân vi rút hay bệnh liên quan đến gan tụy thì bệnh do các sinh vật bám (bệnh “đóng rong”) cũng gây thiệt hại đáng kể cho nghề nuôi. Các sinh vật bám gây bệnh “đóng rong” bao gồm động vật nguyên sinh, vi khuẩn dạng sợi, tảo bám, vi nấm…
Đã có nhiều công trình nghiên cứu về các đặc điểm hóa sinh liên quan đến độc tính của Aeromonas hydrophỉla, một vi khuẩn thường gây bệnh cho cá, ở Việt Nam chưa có các công trình tương tự. Việc nghiên cứu một số đặc điểm sinh hóa như hàm lượng, thành phần, hoạt độ và khả năng dung giải hồng cầu của protein ngoại và nội bào của vi khuẩn gây bệnh đốm đỏ ở cá trắm cỏ nhằm góp phần lý giải cơ chế gây bệnh và tìm kiếm các biện pháp phòng bệnh bằng những thử nghiệm điêu chê vaxcin dự phòng.
Thuốc trị bệnh cho cá nói chung và rô phi nói riêng nếu không đúng chủng loại và liều lượng thì không những không hiệu quả mà còn làm cho bệnh nặng hơn.