Ðiều kiện nền đáy ao nuôi tôm có ảnh hưởng rất lớn đến chất lượng nước ao nuôi tôm như Oxy hoà tan, độ trong của nước, sự phát triển của tảo, sự tạo ra các khí độc, sự phát triển của các loại vi khuẩn gây bệnh,v.v. Ðáy ao tốt hay xấu phụ thuộc vào chất đất và sự lắng tụ chất thải trong quá trình nuôi tôm mà đặc biệt là chất thải hữu cơ.