Trong quá trình nuôi, các chất thải được máy quạt nước gom tụ vào giữa đáy ao (đối với ao đáy bùn đất thì một lượng chất thải vẫn còn phân bố xung quanh nền đáy). Đống chất thải này phân thành 2 lớp. Lớp ngoài rất mỏng (khoảng 5 mm) được ôxy hoá nên có màu tương đối sáng, có chức năng bao phủ và hạn chế khí độc thoát ra ngoài. Lớp bên dưới có màu đen, chất thải ở điều kiện thiếu ôxy nên vi khuẩn khử lưu huỳnh tạo ra khí độc H2S.