Nhằm đảm bảo chất lượng nước tối ưu và đáy ao sạch ở các trang trại nuôi tôm thì việc chọn chất lượng thức ăn tốt ổn định và việc theo dõi cẩn thận sàng cho ăn dựa trên bảng hướng dẫn cho ăn đã được chứng minh/thử nghiệm là các bước thực hành khuyến nghị để kiểm soát lượng thức ăn cho vào ao. Sử dụng máy cho tôm ăn tự động và áp dụng công nghệ biofloc, cũng như nắm rõ được khả năng tải của ao có thể giúp người nuôi tôm giảm chi phí thức ăn, bảo toàn vốn và tối đa hóa lợi nhuận.
Xuất phát từ những yêu cầu xây dựng một mô hình nuôi bền vững mang tính an toàn cao, mô hình nuôi ghép cá rô phi đơn tính trong ao nuôi tôm nhằm cải thiện môi trường nước, giảm thiểu dịch bệnh. Đây là biện pháp dọn vệ sinh và làm gián đoạn chu trình phát sinh bệnh, làm giảm thiểu những tác động của bệnh đối với nghề nuôi tôm. Cá rô phi được lựa chọn là đối tượng để nuôi ghép với tôm tốt nhất, bởi chúng là loài ăn tạp, phù hợp với vai trò “dọn vệ sinh”.
Tại Cà Mau, từ năm 2010 đến nay, bệnh hoại tử gan tụy cấp làm cho tôm nuôi chết hàng loạt, tập trung ở loại hình nuôi tôm công nghiệp. Hiện, dịch bệnh này vẫn còn là đề tài mà các nhà khoa học trong và ngoài nước đẩy mạnh nghiên cứu tìm giải pháp đẩy lùi.
Trong quá trình nuôi, các chất thải được máy quạt nước gom tụ vào giữa đáy ao (đối với ao đáy bùn đất thì một lượng chất thải vẫn còn phân bố xung quanh nền đáy). Đống chất thải này phân thành 2 lớp. Lớp ngoài rất mỏng (khoảng 5 mm) được ôxy hoá nên có màu tương đối sáng, có chức năng bao phủ và hạn chế khí độc thoát ra ngoài. Lớp bên dưới có màu đen, chất thải ở điều kiện thiếu ôxy nên vi khuẩn khử lưu huỳnh tạo ra khí độc H2S.
Đối với các ao tôm lớn, thu hoạch được thì cử nhóm người riêng phụ trách tiến hành thu hoạch tôm, nhưng phải đảm bảo không mang mầm bệnh, lây lan mầm bệnh sang các ao khác. Còn đối với các ao tôm còn nhỏ thì diệt tôm tại trong ao.
Độc tố được cho là nguyên nhân gây ảnh hưởng tiêu cực đến các quá trình chuyển hóa trong cơ thể sinh vật, kể cả con người. Đôi khi, độc tố tảo lam gây ra bệnh và thậm chí gây chết cho động vật hoang dã, động vật nuôi, bao gồm tôm nuôi.
Nuôi ghép cá rô phi trong ao tôm làm tăng khả năng cạnh tranh giữa hai loài; tận dụng được thức ăn thừa và chất thải hữu cơ trong ao; hạn chế ô nhiễm nước, ngăn ngừa lan truyền dịch bệnh ở tôm; đem lại năng suất cao.
Thời tiết có xu hướng nắng nóng kéo dài sẽ ảnh hưởng không ít đến sự sinh trưởng của tôm nuôi. Người nuôi tôm cần hiểu rõ các ảnh hưởng này và nắm được các giải pháp phòng chống thích hợp.
Môi trường vùng nuôi xuống cấp sau nhiều năm nuôi liên tục, quy trình nuôi thâm canh tăng mạnh thì ít nhất giải pháp này sẽ góp phần giảm bớt lượng thuốc, hóa chất đưa xuống ao nuôi, cá rô phi còn giúp giảm áp lực khí độc dưới đáy ao nuôi tôm, như các nhà khoa học nhận định: “cá rô phi là máy lọc nước sinh học” cho ao nuôi tôm.